Когда укрывать саженцы на зиму

Про шелковицу не скажу, не выращивала. А вот с гинкго приходилось сталкиваться.
В условиях Перми привозные и тепличные возрастные сеянцы не перезимовывали. А молодые, бывало, в мягкие зимыдовольно успешно зимовали несколько лет под снегом без дополнительного укрытия. Выше уровня снега всегда обмерзали. К сожалению, через несколько лет погибали. Все-таки условия у нас довольно суровые. Растения гинкго не требовательны к почве и довольно зимостойки, выносят кратковременное понижение до -25, и даже чуть ниже. Но именно кратковременное. Долгая уральская зима оказалась для них губительной.
Сейчас в естественном виде гинкго произрастает на территории Китая, но и то не везде. На северо-западе, в условиях континентального засушливого климата не выживает. Все-таки этому растению подходит субтропический муссонный климат. Поэтому, если есть возможность, лучше вести его в контейнерной культуре, на зиму заносить на прохладную лоджию.

Ты всё правильно сделала - это я про мульчу. Корни саженцев будут остывать вместе с землёй постепенно, потому что мульча не даст земле остынуть сразу. И место прививки закрыла - правильно.
У тебя есть уже опыт укрытия

Закрывала лапником и укрывным, когда уже маленькие морозы ночью и 0-1 днем.

именно в такой температурный режим и надо проводить укрытие.
Мы тоже закрываем саженцы первого года посадки при такой температуре. Второй год саженцы закрываем только те, которые по какой то причине ослаблены (плохо росли, не дали прироста, повреждения на коре...) - смягчаем им зимние неурядицы.