Что с перцем? Помогите разобраться.

Похоже на южную склероциальную гниль. Заболевание грибковое. Возбудитель долгое время сохраняется в почве, поэтому на это место сажать пасленовые в течение 3-4 лет нельзя. Бороться можно только на стадии профилактики, сейчас не знаю, чем помочь. Также на это место рискованно сажать и другие культуры, в том числе и тыквенные.

Проблема. Действительно похоже на южную склероциальную гниль и отсидеться в окопе не выйдет. Придется идти в атаку т. к. она может поражать практически все овощные культуры и подсолнечник и бахчевые. Инфекция сохраняется в почве долго. Удаляйте все пораженные растения, спасти их не получится и они размножают инфекцию. Если есть возможность вводите севооборот. Кукуруза и другие злаковые не дадут ей размножаться. Протравливайте семена, а корни рассады окунайте в раствор фундазола или иного системного фунгицида. Временно можно воздержаться от внесения органических удобрений, Можно применить фундазол для обработки почвы но до образования плодов. Удачи!

Скорее всего похоже на южную склероциальную гниль. Здесь хорошо описаны другие похожие болезни перца http://www.uaseed.com/bolezni/372.htm. Лечения практически нет.